pixivFACTORYはpixivとアカウントを連携しているため、pixivFACTORYのアカウントのみを削除することはできません。
pixivのアカウント削除をもってpixivFACTORYアカウントの削除となりますので、pixivFACTORYからログアウトし、pixivから削除手続きをお願いします。
なお、設定で「pixivFACTORYからのお知らせメールを受信する」にチェックが入ったままですと、削除後もメールが届いてしまう場合があります。
pixivFACTORYからログアウトする前に、設定画面をご確認ください。