pixivFACTORYはpixivとアカウントを連携しているため、pixivFACTORYのアカウントのみを削除することはできません。
pixivの退会をもってpixivFACTORYからの退会となりますので、pixivFACTORYからログアウトし、pixivから退会手続きをお願いします。
なお、設定で「pixivFACTORYからのお知らせメールを受信する」にチェックが入ったままですと、退会後もメールが届いてしまう場合があります。
pixivFACTORYからログアウトする前に、設定画面をご確認ください。
▼参考リンク
・pixivヘルプページ：pixivを退会したい